Principais tipos de bactérias foram tradicionalmente classificados por características físicas ou reações a diferentes tipos de coloração. O advento da genética molecular permitiu uma divisão mais cuidadosa dos diferentes grupos de bactérias. Muitos cientistas acreditam que a classificação antiga de bactérias deveria ser dividida em dois ou mais reinos.
Reinos
A mais alta classificação dos seres vivos é o reino. Bactérias já foram classificadas em um reino conhecido como Protista, mas muitos cientistas argumentam que o antigo reino deveria ser dividido em dois reinos baseados em evidências genéticas moleculares. Os novos reinos seriam verdadeiras bactérias, Eubacteria e bactérias antigas, Archaebacteria, que hoje sobrevivem em ambientes extremos. Alguns sugerem uma nova divisão filogenética conhecida como domínios ou superkingdoms, porque as Archaebacteria são tão distintas que poderiam ser divididas em três reinos próprios: Crenarchaeota, as bactérias termofílicas; Euryarchaeota, bactérias halofílicas e metanogênicas; e Korarchaeota, encontrado em fontes termais.
Phylums
Para outras bactérias que não Archaebacteria, existem cinco filotipos distintos, o ramo seguinte até a árvore filogenética. As Proteobactérias são simbióticas com plantas e ajudam a fixar o nitrogênio da atmosfera. As cianobactérias são conhecidas como bactérias azul-esverdeadas. Eubactérias são bactérias Gram-positivas classicamente classificadas e possuem paredes celulares que possuem camadas diferentes das outras bactérias. Os espiroquetas crescem em colônias em espiral. As clamídias são parasitas intracelulares.
Classificação tradicional
As bactérias podem ser descritas como patogênicas (causadoras de doenças) ou não patogênicas. Eles também podem ser descritos como Gram-positivos ou Gram-negativos. Isso se refere a se eles absorvem ou não um corante pela coloração de Gram. As bactérias Gram-positivas não possuem uma membrana celular externa, e os peptidoglicanos permitem que eles sejam corados com violeta de cristal. As bactérias Gram-negativas têm uma membrana celular externa, mas não possuem peptidoglicanos, evitando que sejam coradas.