Para essa técnica de visualização, o brometo de etídio é misturado com pó de agarose, tampão EDTA e água para formar a matriz de gel antes da eletroforese. Como resultado, as moléculas de brometo de etídio se dispersam uniformemente pela matriz. Uma vez que os poços do gel foram preenchidos com suas respectivas amostras de DNA e corantes de rastreamento, a tensão é aplicada para desenhar lentamente os grandes compostos polares através da matriz.
Durante este movimento, as bases das moléculas de DNA se ligam temporariamente a as partículas de brometo de etídio, arrastando-as. Quando a eletroforese está completa, cada molécula de DNA absorveu uma quantidade significativa de brometo de etídio.
Na presença de luz ultravioleta, o brometo de etídio exibe fluorescência. Técnicos projetam uma luz UV especialmente calibrada através do gel enquanto uma máquina captura a imagem dos fragmentos incandescentes.
Methylene Blue
Se um transiluminador UV não estiver disponível ou prático, os técnicos podem processar o DNA visível sob condições normais por imersão do gel de agarose acabado, com DNA eletrofor- rizado dentro, em uma solução de azul de metileno durante a noite.
Um sal de cloreto com um ânion significativamente hidrofóbico, moléculas de azul de metileno penetram a matriz completa do gel. No entanto, a ligação de hidrogênio ao longo do DNA faz com que as moléculas de mancha se acumulem. Essa maior densidade de manchas ao redor do DNA produz um tom mais profundo de azul, visível a olho nu.
Rastreando corantes
Além do tamanho relativo das bandas de DNA, os técnicos podem medir o tamanho absoluto ( em pares de bases) de cada fragmento usando produtos químicos chamados corantes de rastreamento. Visíveis sem a adição de azul de metileno ou brometo de etídio, os corantes rastreadores como azul de bromofenol e xileno ciano se movem através das matrizes de gel de aragose durante a eletroforese na mesma velocidade que os fragmentos de DNA consistindo de 300 nucleotídeos e 4.000 nucleotídeos, respectivamente. Na eletroforese, fragmentos de DNA mais maciços viajam através da matriz de gel em uma velocidade mais lenta do que os fragmentos menores. Portanto, enquanto os corantes de rastreamento não influenciam diretamente a visibilidade dos fragmentos de DNA, a comparação da posição de um fragmento de DNA no gel com a posição desses corantes permite que os técnicos "vejam" o número aproximado de nucleotídeos contidos no fragmento de DNA.
