Embora os raios cósmicos tenham imenso valor científico, há algumas desvantagens em seu uso:

1. difícil de controlar e manipular: Os raios cósmicos estão ocorrendo naturalmente, e suas propriedades como energia e direção da viagem não são facilmente controladas. Isso torna difícil utilizá-los para aplicações específicas, diferentemente de fontes de radiação feitas pelo homem que podem ser manipuladas.

2. Riscos potenciais para a saúde: Os raios cósmicos de alta energia podem interagir com a matéria, incluindo tecido vivo, e potencialmente causar danos. Embora a intensidade dos raios cósmicos seja geralmente baixa, a exposição prolongada, especialmente em grandes altitudes ou no espaço, pode aumentar o risco de doença e câncer de radiação.