O microscópio é usado em uma variedade de campos científicos para diversos fins. Seja na ciência forense ou na medicina tradicional, o microscópio é um instrumento indispensável.
Análise de tecidos

É comum que os histologistas estudem células e tecidos usando o microscópio. Por exemplo, se uma seção de tecido é retirada para análise, os histologistas podem usar um microscópio em combinação com outras ferramentas para determinar se a amostra é cancerígena.
Examinando evidências forenses

As evidências coletadas na cena do crime podem contêm informações que não são visíveis a olho nu. Por exemplo, estrias nas balas podem ser examinadas ao microscópio para verificar se elas correspondem às balas disparadas por uma determinada arma.
Determinação da saúde de um ecossistema

É comum que biólogos de campo monitorem a saúde de um ecossistema específico, como um riacho, usando microscópios para identificar o número e a diversidade de organismos em uma região específica ao longo do tempo.
Estudo do papel de uma proteína dentro de uma célula

Cientistas de pesquisa descobrem microscópios ferramenta inestimável quando estudam a função das proteínas nas células. Com a tecnologia atual, muitas proteínas podem ser rotuladas com uma etiqueta e estudadas em células vivas.
Estudo de estruturas atômicas

Microscópios poderosos, como os microscópios de força atômica, ajudaram os cientistas a estudar a superfície de átomos individuais.