Os desertos contêm uma variedade de fungos. Algumas colônias de fungos do deserto podem viver milhões de anos prolongando o processo de desenvolvimento. Outros criam relações simbióticas com outros organismos para garantir a sobrevivência. Os fungos do deserto podem permanecer dormentes no solo do deserto até serem perturbados, e depois atacar com esporos tóxicos que causam doenças graves. Alguns tipos de fungos do deserto podem pintar telas do deserto com manchas de cores brilhantes.
Líquenes

Líquenes, conhecidos como "plantas pioneiras", são pequenos organismos que podem suportar ambientes ásperos, quentes e frios e secas. O corpo de um líquen, ou tálus, é composto de algas e fungos que crescem juntos em uma relação simbiótica. As células das algas fornecem nutrientes para o fungo, e o fungo protege as algas das condições atmosféricas.

Os líquenes podem crescer em superfícies incomuns, como areia, rochas, solo, ossos de animais e metais enferrujados. Os líquenes crescem em uma variedade de cores, como tons de vermelho, laranja, amarelo, verde e marrom. Mais de uma dúzia de espécies de fungos podem crescer em uma pedra.

Aproximadamente 15.000 espécies de líquen são conhecidas. Certos líquenes, como os crustose (um fungo semelhante a crosta), podem viver centenas ou milhares de anos devido a uma lenta taxa de crescimento. Líquenes crustosos podem se desenvolver nas rochas. Certos líquenes estão ameaçados porque o ar e a água da chuva contaminados podem destruir as células das algas, matando o parceiro fúngico.
Micorrizas

Micorrizas são sistemas de plantas fúngicas que desenvolvem uma relação simbiótica com as raízes das plantas. As raízes fornecem os nutrientes necessários e um local para os fungos prenderem seus fios. Os fungos protegem a planta de ataques como patógenos, e seus fios funcionam como um sistema radicular para ajudar a planta a receber água e nutrientes adicionais. Uma vez que o relacionamento é desenvolvido, uma planta pode depender de micorrizas quando seus nutrientes são descontinuados.
Micorrizas são divididas em dois tipos - ectomicorrizas e endomicorrizas. Ectomycorrhizae produz uma cobertura ao redor das raízes de uma planta. A cobertura cresce hifas (constituintes filiformes do corpo do fungo) nas raízes e depois no solo. Os fios das endomicorrizas crescem para as células e depois para o solo. O fungo melhora a resistência à seca, a imunidade a doenças e a absorção de nutrientes pela planta hospedeira.
Cogumelos
Podaxis, ou juba desgrenhada do deserto, é encontrado no deserto de Sonora e em outros desertos ao redor do mundo. A podaxis está relacionada à família de fungos Agaricaceae. O fungo se assemelha a um puffball; é amadeirado e fibroso. O corpo frutífero do Podaxis brota de solos do deserto, solos arenosos e estradas após as estações das chuvas. No entanto, se a chuva não vier, o corpo frutífero não emergirá. O caco (tampa) permanece fechado durante o processo de desenvolvimento para proteger o tecido fértil, brânquias e esporos de paredes duplas da secagem.
Coccidioides

O gênero Coccidioides é um fungo no solo composto por duas espécies - Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. Ambas as espécies são encontradas nos solos desérticos da América do Norte e do Sul. Cada espécie cria hifas e esporos no solo. Quando o solo que contém os esporos é perturbado por seres humanos ou ataques naturais, como tempestades de poeira, os esporos ficam no ar. A inalação de esporos pode causar uma infecção fúngica não contagiosa chamada Coccidiodomicose ou febre do vale. Em casos raros, se inúmeros esporos de qualquer uma das espécies forem inalados, isso poderá ser fatal.