A teoria do flogisto tinha vários pontos negativos que levaram à sua eventual rejeição:

Falta de evidências experimentais: A teoria dependia fortemente de observações qualitativas e carecia de evidências experimentais quantitativas para apoiar suas afirmações. Havia muitas inconsistências e observações inexplicáveis ​​que não se ajustavam bem à teoria.

Combustão e ganho de massa: Uma das contradições fundamentais da teoria do flogisto era que ela propunha que os materiais combustíveis liberavam o flogisto durante a queima, mas os produtos da combustão eram frequentemente mais pesados ​​do que as substâncias originais. Esta observação contradiz a noção de que o flogisto tinha massa negativa.

Natureza do Flogístico: A natureza do flogisto permaneceu vaga e mal definida. Alguns proponentes o descreveram como uma substância material, enquanto outros o consideraram um princípio ou entidade. A falta de uma definição clara dificultou a realização de experimentos científicos rigorosos para verificar sua existência.

Explicações inconsistentes: A teoria do flogisto lutou para explicar certos fenômenos químicos, como a produção de diferentes gases durante a combustão e o papel do oxigênio nessas reações. À medida que se aprendia mais sobre a composição do ar e o envolvimento dos gases nas reações químicas, as deficiências da teoria do flogisto tornaram-se aparentes.

Experiências de Lavoisier: Os experimentos conduzidos por Antoine Lavoisier e seus contemporâneos desempenharam um papel crucial na refutação da teoria do flogisto. As medições meticulosas e a análise quantitativa de Lavoisier demonstraram que a massa é conservada durante as reações químicas, contradizendo a ideia da liberação do flogisto e da perda de peso.

No geral, a falta de evidências experimentais, as inconsistências na explicação da combustão e das mudanças de massa, uma definição pouco clara de flogisto e as contradições expostas pelas descobertas subsequentes levaram eventualmente à queda da teoria do flogisto e abriram o caminho para o desenvolvimento da química moderna.