Os ecossistemas da floresta tropical abrigam algumas das comunidades animais mais densas e diversificadas da Terra. No entanto, as florestas tropicais são constantemente exploradas por seus ricos recursos. Práticas humanas como mineração e desmatamento têm sérios efeitos nesses habitats, fazendo com que inúmeras espécies de animais percam suas casas a um ritmo alarmante.

Aves

Várias espécies de tucanos, papagaios e outras espécies tropicais aves das florestas tropicais da América do Sul e Central estão ameaçadas de extinção devido à extração de madeira e outras causas de desmatamento. A harpia, uma das maiores espécies conhecidas de águia em todo o mundo, prospera nas terras baixas da floresta tropical do sul do México até o leste da Bolívia; o habitat desta ave está constantemente a diminuir devido a práticas de desflorestação de corte raso bem como a destruição de locais de nidificação de práticas industriais tais como mineração e perfuração de petróleo. A perda de habitat também ameaça milhares de espécies de aves migratórias. Essas espécies viajam para o norte durante o verão norte-americano e voltam para os trópicos durante o inverno; mais e mais retornam todos os anos para não encontrar lares e /ou locais de nidificação destruídos.

Mamíferos

Uma grande variedade de espécies de mamíferos está perdendo suas casas na floresta, do menor roedor ao maior predador. Muitos mamíferos maiores precisam de muito espaço para forragear e /ou caçar. À medida que as práticas industriais progridem em certas áreas, os mamíferos da floresta tropical, como gorilas, onças e onças-pardas, devem se limitar a habitats fragmentados com recursos insuficientes. O desmatamento afeta os mamíferos arbóreos mais diretamente (aqueles que vivem nas árvores), como o esquilo voador e o morcego, assim como várias espécies de macacos. Comunidades inteiras ficam desabrigadas, forçando-as a se adaptarem a ambientes sem árvores para as quais não estão preparadas.

Répteis e Anfíbios

O desmatamento é a principal causa de perda de habitat para a maioria dos répteis, enquanto muitas espécies de anfíbios também estão perdendo suas casas devido à perfuração de poços de petróleo e práticas de mineração que contaminam lagoas, rios e córregos, forçando-os a encontrar novas fontes de água para seus estilos de vida semiaquáticos. Ameaçadas e ameaçadas espécies de répteis e anfíbios incluem o sapo dourado, os lagartos e iguanas do dia de Madagascar, bem como várias espécies de sapos venenosos, mais notadamente os da Colômbia.