Plantas
Lewis descreveu 260 plantas em seus diários de viagem, a maioria deles novos para a ciência. Entre eles estavam as camas azuis, uma planta cujo tubérculo comestível era imensamente significativo para tribos como os Nez Perce; e a macaca de Lewis, uma das muitas plantas e animais que levam o nome de um capitão ou de outro.
Pássaros
Lewis e Clark fizeram as primeiras descrições científicas de muitas espécies de pássaros. O quebra-nozes do Clark, um membro da família Jay, é um deles. Este notável pássaro esconde sementes de pinheiro em largas áreas para subsistir no inverno.
Mamíferos
Alguns dos organismos mais dramáticos encontrados pela expedição foram os mamíferos, o mais famoso é o urso pardo irascível - um subespécie do urso-pardo descrita pela primeira vez por Lewis e Clark - que desafiou o Corpo primeiro no fundo do rio Missouri. Eles também mandaram de volta a Jefferson um cão de pradaria de cauda preta - um "esquilo latindo", como eles o chamavam.
Répteis e anfíbios -
Alguns primeiros-sangues frios da expedição incluíram o Rã-do-pacífico, a cascavel das pradarias e o tritão-da-califórnia.
Peixes
Entre os peixes que Lewis e Clark descobriram para o mundo ocidental foi o sugador da montanha, um morador que come algas que encontraram na atual Montana.