Fragmentos de DNA são não normalmente exposto a uma solução alcalina antes Hibridação. De fato, isso seria prejudicial ao processo.

Aqui está o porquê:

* Soluções alcalinas DNA DNA: As soluções de pH alto (alcalina) quebram as ligações de hidrogênio que mantêm os dois fios de DNA unidos, levando ao DNA de fita simples. Embora isso possa parecer útil para hibridação, também desnataria as sondas usadas no processo, tornando -as ineficazes.
* A hibridação depende do DNA de fita única: Hibridação ocorre entre moléculas de DNA de fita simples complementar . No entanto, o processo de desnaturação precisa ser cuidadosamente controlado.

Veja como o processo normalmente funciona:

1. DNA é desnaturado: O DNA é aquecido a uma temperatura alta (normalmente em torno de 95 ° C) para quebrar as ligações de hidrogênio e separar os fios.
2. Hibridação : O DNA desnaturado (DNA alvo) é então resfriado lentamente, permitindo fios complementares de sondas reconectarem (hibridar) com as seqüências alvo.
3. Tratamento alcalino (opcional): * Após* hibridação, alguns protocolos usam uma solução alcalina leve para remover sondas não ligadas.

Portanto, o tratamento alcalino não é usado antes da hibridação, mas pode ser usado em certas etapas após a hibridação para lavagem e remoção de sondas não ligadas.