A principal diferença entre moléculas orgânicas e inorgânicas está em sua composição e estrutura .

Moléculas orgânicas:

* Composição: Contém principalmente carbono (c) e hidrogênio (h) Átomos, geralmente ligados a outros elementos como oxigênio (O), nitrogênio (N), enxofre (s) e fósforo (P).
* Estrutura: Normalmente tem uma estrutura complexa com ligações covalentes formando cadeias longas, anéis e estruturas ramificadas.
* Origem: Geralmente associado a organismos vivos ou derivado deles.
* Exemplos: Carboidratos, proteínas, lipídios, ácidos nucleicos (DNA e RNA), metano (CH4), etanol (C2H5OH)

moléculas inorgânicas:

* Composição: Normalmente não possui átomos de carbono e hidrogênio, ou os possuem em quantidades muito pequenas. Eles geralmente consistem em metais, não metais ou metalóides.
* Estrutura: Geralmente tem estruturas simples com ligações iônicas ou metálicas.
* Origem: Encontrado no mundo não-viva (por exemplo, rochas, minerais, água)
* Exemplos: Água (H2O), sal (NaCl), dióxido de carbono (CO2), óxido de ferro (Fe2O3)

Aqui está uma tabela resumindo as principais diferenças:

| Recurso | Moléculas orgânicas | Moléculas inorgânicas |
| ---------------- | -------------------------- | ---------------------------- |
| composição | Principalmente C e H, geralmente O, N, S, P | Normalmente não possui C e H, ou os possuem em pequenas quantidades |
| estrutura | Ligações complexas, covalentes, cadeias longas, anéis | Ligações simples, iônicas ou metálicas |
| origem | Associado a organismos vivos | Encontrado no mundo não-vivo |

Nota importante: Existem algumas exceções e sobreposições. Por exemplo, o dióxido de carbono (CO2) contém carbono, mas é considerado inorgânico devido à sua estrutura simples e falta de associação com a vida. Algumas moléculas orgânicas, como a uréia, são produzidas por organismos vivos, mas têm uma estrutura mais simples.

Por fim, a distinção entre moléculas orgânicas e inorgânicas é um sistema de classificação útil para entender a vasta diversidade de compostos químicos.