Uma crítica precisa à abordagem estrutural-funcional é que ela tende a enfatizar excessivamente a harmonia e a estabilidade da sociedade e a minimizar o papel do conflito e da mudança. A abordagem assume que a sociedade é um sistema bem integrado onde cada parte contribui para o funcionamento global do todo. Isto pode levar a uma negligência relativamente às formas como diferentes grupos e interesses dentro da sociedade podem entrar em conflito entre si e ao potencial de mudança e transformação social.

Ao concentrar-se nas contribuições funcionais de várias instituições e práticas sociais, o funcionalismo estrutural pode ignorar as formas como estas estruturas também podem perpetuar a desigualdade, a opressão e a injustiça social. Pode não ter em conta as experiências e perspectivas de grupos e indivíduos marginalizados que podem não beneficiar ou não ser bem servidos pela ordem social existente.

Além disso, a abordagem pode ser criticada por ser demasiado determinista, implicando que as estruturas e instituições sociais têm um propósito fixo e imutável. Isto pode ignorar a natureza dinâmica e evolutiva dos sistemas sociais, bem como a agência e a criatividade dos indivíduos e grupos na formação das suas próprias realidades sociais.