As bombas de íons de hidrogênio usam ATP para transportar íons de hidrogênio através de uma membrana, criando um gradiente de prótons que impulsiona os processos celulares. Essas bombas contêm um canal de proteína que facilita o movimento dos íons de hidrogênio. O canal é formado por diversos resíduos de aminoácidos que revestem o interior da proteína e criam um ambiente hidrofílico para a passagem dos íons hidrogênio. Esses resíduos possuem grupos funcionais que podem interagir com íons hidrogênio, permitindo que sejam transportados através da membrana. A estrutura do canal garante o transporte específico e eficiente de íons de hidrogênio, permitindo que a bomba mantenha o gradiente de prótons e apoie as funções celulares.