Os aminoácidos são chamados de ácidos porque contêm um grupo carboxila (-COOH), que é um grupo ácido. O grupo carboxila pode perder um íon hidrogênio (H+), o que dá ao aminoácido uma carga líquida negativa. Essa carga negativa é o que confere aos aminoácidos suas propriedades ácidas.

Os aminoácidos também contêm um grupo amino (-NH2), que é um grupo básico. O grupo amino pode aceitar um íon hidrogênio (H+), o que dá ao aminoácido uma carga líquida positiva. Essa carga positiva é o que confere aos aminoácidos suas propriedades básicas.

O equilíbrio entre os grupos ácidos e básicos nos aminoácidos determina a sua carga global. Em pH neutro, a maioria dos aminoácidos tem carga líquida negativa porque o grupo carboxila é mais ácido que o grupo amino. No entanto, alguns aminoácidos, como a lisina e a arginina, possuem mais grupos básicos do que grupos ácidos e, portanto, possuem uma carga líquida positiva em pH neutro.