O estômago é um saco órgão semelhante a um, localizado no abdome superior esquerdo. É capaz de armazenar até 2 litros de comida e líquido. Quando a comida entra no estômago, os músculos fortes das paredes do estômago agitam a comida, misturando-a com suco gástrico para produzir "quimo". O suco gástrico contém muco, ácido clorídrico e o hormônio gastrina, e estimula a secreção de pepsinogênio, a enzima precursora da pepsina.

A pepsina é gerada a partir do pepsinogênio

Degustação, olfato, visão ou apenas pensamento sobre comida pode causar glândulas gástricas no estômago para secretar suco gástrico. O ácido clorídrico no suco gástrico converte pepsinogênio em pepsina, cortando um trecho de aminoácidos chamado peptídeo. Esta reação requer um pH muito ácido, variando entre 1 e 3. O ambiente ácido é necessário para a geração e atividade da pepsina. O ácido clorídrico no estômago geralmente fornece um pH de cerca de 1,5 a 3,5.
Pepsina quebra proteínas alimentares O ácido no estômago faz com que as proteínas alimentares se desdobrar em um processo chamado desnaturação. A desnaturação expõe as ligações moleculares da proteína para que a pepsina possa acessá-las e quebrar as proteínas em fragmentos menores, chamados de peptídeos ou polipeptídeos. O intestino delgado continuará a quebrar as proteínas cortando os peptídeos em aminoácidos, que podem ser facilmente absorvidos pela corrente sanguínea. A pepsina digere as proteínas por várias horas antes que a mistura de alimentos parcialmente digerida seja lentamente transferida para o intestino delgado.

A pepsina desempenha um papel nas úlceras

O muco no estômago protege o revestimento do estômago da úlcera dano potencial por ácido clorídrico e pepsina. As úlceras do estômago são feridas dolorosas que podem ocorrer quando o revestimento do estômago está danificado. Uma bactéria chamada Helicobacter pylori é capaz de viver em um ambiente ácido e é pensada para prevenir a secreção de muco protetor, permitindo que a pepsina faça buracos nas paredes do estômago. Os antiácidos funcionam elevando o pH do estômago e inativando a pepsina, pois a pepsina funciona apenas em pH baixo. O uso a longo prazo de antiácidos não é aconselhável porque a inibição da pepsina impede a digestão adequada de proteínas. A absorção de fragmentos de proteínas incompletamente digeridos pode causar alergias e outros problemas de saúde.