As proteínas não funcionam isoladamente, e suas interações com outras proteínas definem suas funções celulares. Portanto, A compreensão detalhada das interações proteína-proteína (PPIs) é a chave para decifrar a regulação das redes e vias celulares. Essas redes complexas de associações estáveis ​​e transitórias podem ser estudadas por espectrometria de massa de purificação por afinidade (AP-MS) e métodos de marcação baseados em proximidade complementares, como BioID.

Em um estudo publicado em Nature Communications , uma equipe de pesquisa liderada pelo Dr. Markku Varjosalo na Universidade de Helsinque desenvolveu uma abordagem otimizada e integrada combinando AP-MS e BioID em um único fluxo de trabalho. Além de explorar as vantagens de ambas as estratégias, os autores mostram que sua abordagem permite a identificação e quantificação das interações proteína-proteína e estequiometrias do complexo de proteínas, identificação de interações transitórias ou de proximidade com BioID, visualização da proteína isca e dos interatores proximais com microscopia de imunofluorescência, e definir o contexto molecular com microscopia MS utilizando o conjunto de dados de referência obtido pela identificação de interatores proximais para marcadores de localização subcelular bona fide.

Os autores mostram que a microscopia MS permite atribuir a proteína estudada à sua correta localização celular ou mesmo subcelular em resolução ainda maior do que na microscopia confocal. "Este estudo é um continuum de nossos esforços rigorosos no desenvolvimento de novas ferramentas de biologia de sistemas para estudar as interações moleculares formadas por proteínas. Provamos anteriormente que AP-MS é um método altamente reprodutível, que também é adequado para estudos em larga escala e interlaboratoriais ", Dr. Varjosalo diz. "Nosso fluxo de trabalho integrado recentemente desenvolvido e o mapa de proteoma de contexto molecular de referência, permite uma maneira fácil de sondar a localização molecular de (m) qualquer proteína (s). A tag MAC desenvolvida e a abordagem integrada devem capacitar, não apenas a comunidade de proteômica de interação, mas também celular, biólogos moleculares e estruturais, com um fluxo de trabalho integrado comprovado experimentalmente para mapear em detalhes as interações físicas e funcionais e o contexto molecular de proteínas em células humanas. "