* Registros de reunificação incompletos. O Departamento de Segurança Interna (DHS) não tinha uma base de dados completa ou precisa de famílias separadas, o que dificultava a localização de pais e filhos.
* Falta de comunicação entre agências. O DHS, o Departamento de Saúde e Serviços Humanos (HHS) e outras agências envolvidas na política de separação familiar não comunicaram de forma eficaz, o que levou a confusão e atrasos nos esforços de reunificação.
* Falta de recursos. O DHS e o HHS não tinham os recursos necessários para reunir as famílias de forma rápida e eficiente, incluindo falta de pessoal, financiamento e instalações.
* Desafios logísticos. O reagrupamento de famílias era logisticamente complexo, uma vez que muitos pais e filhos estavam localizados em países diferentes ou já tinham sido libertados da custódia.
* Desafios legais. A administração Trump enfrentou desafios legais à sua política de separação familiar, o que atrasou os esforços de reunificação.

Em junho de 2021, ainda havia 400 famílias que não haviam sido reagrupadas, segundo a União Americana pelas Liberdades Civis (ACLU). A administração Biden priorizou o reagrupamento destas famílias, mas é um processo complexo que levará tempo.