Usar a citometria de fluxo para observar populações de células uniformes tem o benefício de sempre destacar qualquer não-uniformidade. Ele também tira quaisquer detritos ou células mortas ao fornecer os dados finais. Este nível de precisão supera o da concorrência.

Desvantagem: O mais comum é desnecessário

É comum, quando se estuda uma população uniforme de células, que os dados desejados sejam as densidades médias dos receptores. A citometria de fluxo pode lidar com este trabalho facilmente, mas é mais cara do que alternativas como o radioimunoensaio e o ensaio imunoenzimático. O problema é que essas alternativas podem fazer o trabalho com a mesma rapidez e podem até produzir mais amostras por dia. A citometria de fluxo fornece a densidade média, mas também uma enorme quantidade de informações que você não precisa para um trabalho como este.

Desvantagem: Muito lenta

Os classificadores de citometria de fluxo são muito precisos e purificam subpopulações pequenas ou complexas. Mas mesmo um classificador de alta velocidade às vezes não é rápido o suficiente para alcançar os resultados desejados. Por exemplo, um par de células é frequentemente descartado porque o classificador não consegue distinguir entre elas a tempo. Um classificador de alta velocidade pode gerar até 106 células por hora ao lidar com uma subpopulação que compõe 20% de toda a população. Esta taxa é muito baixa para muitos experimentos.