Eletroforese em gel de dodecil sulfato de sódio-poliacrilamida (SDS-PAGE) é um método bioquímico de identificação de proteínas em solução. Como ilustrado por Mathews et al em "Bioquímica", as amostras de proteína são primeiramente carregadas em "poços" ou orifícios em uma extremidade do bloco de gel de poliacrilamida. Um campo elétrico é então aplicado ao gel. O SDS, adicionado às amostras carregadas, nega a carga natural das proteínas. Por esta razão, o peso molecular da proteína sozinho determina a velocidade de migração das proteínas à medida que elas se movem através do gel em direção ao pólo positivamente carregado, observa Bitesize Bio. Múltiplas proteínas na mesma amostra serão, portanto, separadas umas das outras e migrarão para posições diferentes.

Oriente a fotografia do gel. "Top" é a localização dos poços onde as amostras foram originalmente adicionadas. O "fundo" é onde as amostras migraram e, na maioria das vezes, contém a frente do corante que indica a frente de migração das amostras. Tanto a esquerda quanto a direita devem conter um "marcador", usado como um guia de peso molecular previsível.

Identifique as amostras para cada faixa. Na parte superior, as amostras adicionadas aos poços terão migrado verticalmente em "pistas". Portanto, todas as barras visíveis em uma coluna vertical vieram de uma amostra carregada diretamente acima dela. Use a régua e a caneta para colocar bordas nas faixas se for difícil visualizar colunas.

Identifique os tamanhos moleculares das bandas na faixa do marcador. Marcadores comercialmente disponíveis vêm com uma imagem do padrão de banda que se espera junto com os pesos moleculares de cada banda. As bandas são as "barras" horizontais escuras, que são, na verdade, proteínas coradas embebidas no gel.

Desenhe linhas horizontais claras estendendo-se de cada faixa do marcador até a borda oposta do gel. Tenha cuidado para fazer essas linhas paralelas aos poços e à frente do corante. Estas linhas indicam onde estão localizadas as proteínas do peso molecular indicado por cada uma das bandas de marcação em cada faixa. Por exemplo, uma faixa na faixa 4 que reside logo abaixo da linha estendida a partir da faixa de 25-quilodalton sugere que a faixa da faixa 4 tem quase 25 toneladas de peso molecular, mas não completamente.

Etiquete cada faixa em cada pista com o seu peso molecular estimado. Use os marcadores como guia e estime os valores entre os tamanhos dos marcadores.

Abaixo da fotografia do gel, faça uma lista de "proteínas" para cada pista. Comece afirmando o que é conhecido sobre cada amostra, como sua origem ou condições. Em seguida, liste o peso molecular estimado de cada faixa na faixa. Pistas com uma banda indicam que a amostra contém apenas uma proteína. Pistas com múltiplas bandas indicam a presença de múltiplas proteínas. As faixas que correm com a frente de migração são menores do que o sugerido pelo marcador mais próximo e provavelmente não podem ser previstas, exceto como "menor que" o marcador indica.

Na lista de proteínas, observe as esquisitices. Uma aparência "borrada" pode indicar que muitas proteínas estão presentes ou que a viscosidade da amostra afetou sua migração. Se as bandas parecem ultrapassar a borda da faixa ou são muito grandes em comparação com outras bandas, então a concentração dessa proteína é provavelmente muito alto e deve ser diluído em eletroforese futuro. Uma tonalidade acinzentada ao longo da faixa, mais escura do que a cor do gel de fundo, indica fragmentos de proteína indistinguíveis.

Determine a identidade das proteínas em cada faixa. Embora isso seja feito usando apenas o peso molecular, a fonte de cada pista provavelmente indicará pistas também. Considere que, sob algumas condições, as proteínas podem manter uma associação de dímero ou trímero em um gel. Portanto, uma proteína pode aparecer em um gel como três bandas distintas. Mesmo que as proteínas não possam ser identificadas, a escuridão relativa das bandas pode implicar as concentrações das proteínas em solução. Quaisquer proteínas curiosas e desconhecidas podem ser isoladas diretamente do gel original e enviadas para identificação.