p (Phys.org) —U.K. A Oxford Nanopore Technologies cumpriu uma promessa feita há dois anos de produzir um sequenciador de genoma barato baseado na tecnologia de nanopore. David Jaffe, com o Broad Institute relatou a uma audiência na reunião Advances in Genome Biology and Technology na Flórida na semana passada que foi convidado pela Oxford Nanopore para experimentar o novo dispositivo, chamado de MinION, e descobriu que é promissor. p Oxford Nanopore Technologies criou um rebuliço no mundo das ciências biológicas em 2012, quando representantes da empresa anunciaram que sua equipe de pesquisa havia criado com sucesso um dispositivo de sequenciamento baseado na tecnologia nanopore e que um protótipo barato seria entregue a pesquisadores de fora da empresa logo em seguida. A empresa aparentemente teve dificuldade em aumentar sua tecnologia de poros e teve que encontrar alguns materiais alternativos - daí o atraso de dois anos.

p O sequenciamento de nanopore é onde fitas simples de DNA são puxadas através de um poro - conforme cada par de bases passa pelo poro, sua condutividade é medida - informações que podem ser usadas para identificação por um computador. A vantagem dessa abordagem é que, pelo menos em princípio, qualquer comprimento de fita pode ser sequenciado.

p O MinION ainda não está à venda - no momento, a empresa está disponibilizando protótipos para alguns poucos notáveis ​​no campo do sequenciamento do genoma - cada um terá que desembolsar $ 1000 como entrada pela homenagem. O dispositivo se conecta a uma porta em um computador, que faz o processamento. Junto com o dispositivo, que foi comparado ao tamanho de um pacote de chiclete, Oxford Nanopore Technologies enviará amostras de DNA que os pesquisadores podem usar para aprender como usar o novo dispositivo - depois disso, eles podem sequenciar o que quiserem. Ao testar fitas de dois tipos de DNA bacteriano enviados a ele, Jaffe relata resultados mistos - longos trechos de dados foram obtidos corretamente em alguns casos, mas em outros houve alguns erros. Para montar todo o genoma de um tipo de bactéria, por exemplo, ele também teve que usar um dispositivo de sequenciamento feito por outra empresa. Ele observou que está otimista sobre o dispositivo, Contudo, como representantes da Oxford Nanopore garantiram a ele que as taxas de erro podem ser reduzidas usando certas técnicas, mesmo que melhorias no dispositivo estejam sendo feitas no laboratório.

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p Se as taxas de erro usando o MinION podem ser reduzidas a um nível prático, o dispositivo pode marcar um ponto de viragem no sequenciamento de gemas, pois seria um dispositivo que poderia ser carregado e usado para trabalho de campo. E embora o custo de tal dispositivo não tenha sido anunciado, Oxford Nanopore usou repetidamente termos como barato e acessível para descrevê-lo, indicando que custará muito menos do que outros dispositivos de sequenciamento atualmente no marcador, assim que estiver pronto para venda. p © 2014 Phys.org