O efeito primário da destruição de habitat é uma redução da biodiversidade, que se refere à variedade e abundância de diferentes espécies de animais e plantas em um ambiente específico. Quando um animal perde o lar ou o habitat natural de que precisa para sobreviver, seu número diminui rapidamente e se move para a extinção. Estima-se que 14.000 a 35.000 espécies correm o risco de se extinguir, e a destruição de habitats é uma das principais causas.
Polinização e dispersão de sementes
Ambas as plantas selvagens e agrícolas dependem da polinização para reprodução. Frutas e legumes, componentes-chave da dieta humana, dependem de abelhas e outros insetos para transferir o pólen de flor em flor. Quando a destruição do habitat reduz as variedades desses polinizadores, o rendimento das culturas também cai. Por exemplo, as abelhas sem ferrão na Costa Rica, que nidificam apenas em florestas, aumentam em 20% o rendimento das plantações de café localizadas perto das áreas florestais. Muitas plantas também dependem de animais, particularmente aqueles que comem frutas, para a dispersão das sementes. Destruir o habitat de animais desse tipo pode afetar gravemente as espécies vegetais que dependem deles.
Regulação do clima

A biodiversidade afeta o clima principalmente através da regulação da quantidade de dióxido de carbono na atmosfera. A destruição dos habitats florestais reduz a capacidade das florestas de absorver dióxido de carbono. A taxa de crescimento e a madeira de uma planta determinam a taxa de troca de carbono dentro dela. Os padrões de paisagem também são importantes, pois o seqüestro de carbono é reduzido nas bordas dos fragmentos da floresta. Os ecossistemas marinhos também desempenham um papel significativo no seqüestro de carbono.
Controle de Pragas e Doenças

As pragas geralmente têm como alvo tipos específicos de plantas. Quando os habitats são destruídos e a diversidade de plantas é reduzida, o ambiente contém mais de um tipo específico de planta. Isso facilita a propagação de pragas. A diversidade de plantas fornece habitats para uma maior variedade de insetos e outros animais e para os inimigos naturais de pragas. As doenças fúngicas das plantas são mais graves nas áreas de monocultura, onde um único tipo de cultura está sendo cultivado.
Efeitos indiretos

A produção de alimentos, roupas e abrigo para os seres humanos depende de muitas maneiras indiretas da biodiversidade dos ecossistemas. . Uma alta diversidade de culturas agrícolas protege os agricultores contra falhas nas culturas. A destruição de habitats e a redução da diversidade de espécies podem tornar os ecossistemas mais vulneráveis a espécies invasoras e afetar indiretamente a saúde e o bem-estar humanos. O efeito de espécies invasoras é ilustrado pelo que aconteceu quando o baixo foi introduzido no lago Gatun, Panamá. A presença de robalo resultou na redução de predadores de larvas de mosquitos e no aumento da incidência de malária.