As florestas desempenham um papel importante na proteção da integridade dos sistemas aquáticos. A colheita florestal pode alterar drasticamente as características físicas e biológicas das bacias hidrográficas, removendo os amortecedores vegetativos que protegem as águas superficiais dos elementos e alteram o movimento da água. Outras atividades associadas às operações madeireiras, como a aplicação de fertilizantes e pesticidas, e as práticas de disposição de resíduos das fábricas de celulose, também contribuem para a poluição da água. A Agência de Proteção Ambiental dos EUA relata que o uso das melhores práticas de manejo na indústria reduziu a poluição da água nas últimas décadas, mas que a poluição continua sendo um problema significativo.
Sedimentos e Fluxos
A vegetação florestal ajuda a regular a água fluir em águas superficiais. A água é absorvida do solo pelas raízes das plantas e liberada na atmosfera pelas folhas - um processo conhecido como evapotranspiração. As raízes das plantas também se ligam ao solo e protegem-no da erosão. A água da chuva e a neve derretida são drenadas das áreas colhidas, causando um fluxo de linha de base maior e aumentando as chances de inundação. O solo desprotegido é facilmente lavado na água, e a perturbação do solo por outras atividades, como a construção de estradas, pode exacerbar esse problema. Estes resultados podem ter efeitos devastadores em organismos aquáticos que se adaptaram a estilos de vida para se adequar a regimes naturais de fluxo e sedimentos. Por exemplo, os altos fluxos durante a época de desova podem lavar os ovos de peixe colocados no fundo do córrego. Muitos invertebrados aquáticos requerem cascalho ou areia para viver e não tolerarão fundos de córregos lamacentos. Alto fluxo e pouca clareza da água também podem afetar a capacidade dos peixes e invertebrados em capturar presas. Os problemas causados pela erosão não se restringem a habitats de água doce, como o sedimento viaja rio abaixo e recolhe em estuários.
Poluição Química
Fertilizantes inorgânicos e pesticidas sintéticos são freqüentemente usados por operações madeireiras para aumentar o crescimento das árvores . Estas substâncias são normalmente espalhadas por helicóptero, um método que pode levar a uma aplicação excessiva e contaminação direta das águas superficiais. Nutrientes fertilizantes promovem o crescimento excessivo de algas e plantas aquáticas. O oxigênio na água é esgotado quando grandes quantidades de matéria vegetal são decompostas por bactérias. Peixes e invertebrados aquáticos experimentam estresse fisiológico em condições de baixo oxigênio, com algumas espécies - como truta, salmão e moscas - sendo mais sensíveis que outras. Uma segunda fonte de poluição química é o efluente produzido pelas fábricas de celulose. As usinas são obrigadas a tratar seus resíduos, mas a eficácia das instalações de tratamento na remoção de contaminantes varia. O efluente do moinho contém grandes quantidades de nutrientes e matéria orgânica. Resíduos de usinas e pesticidas contêm produtos químicos orgânicos, como dioxinas e benzenes, que são tóxicos para a vida aquática. Os efeitos incluem dano tecidual, problemas reprodutivos e de desenvolvimento, imunodeficiência, redução do crescimento e relações sexuais com predileção feminina.
Poluição da luz
A quantidade de luz solar que atinge as águas superficiais aumenta drasticamente quando as árvores adjacentes colhida. A luz solar permite que as algas e plantas cresçam abundantemente, levando a problemas com o esgotamento de oxigênio, e faz com que a temperatura da água suba. A água morna é menos capaz de reter oxigênio do que a água fria, o que também pode reduzir os níveis de oxigênio dissolvido na água. Espécies de peixe adaptadas ao frio, como a truta, são gravemente afetadas pela alta temperatura da água. Mesmo um pequeno aumento na temperatura acelera o metabolismo dos peixes, fazendo com que as necessidades de energia aumentem. O aumento da demanda metabólica pode reduzir o crescimento de peixes, já que muitos córregos e lagos não contêm presas suficientes para compensar a maior demanda por alimentos. Manter os amortecedores florestais de 10 ou mais metros em torno das águas superficiais ajuda a protegê-los dos efeitos de luz e temperatura.
Perda de Recursos
Os ecossistemas aquáticos em áreas de floresta são altamente dependentes de recursos que caem do floresta circundante. Muitos invertebrados aquáticos se alimentam de folhas caídas, partículas orgânicas e madeira, e peixes que se alimentam de deriva dependem fortemente de invertebrados terrestres em queda como fonte de alimento. Os troncos caídos criam um habitat vital para muitas criaturas aquáticas. A colheita da floresta circundante tem efeitos mistos em organismos aquáticos. Por exemplo, o desmatamento beneficia invertebrados que se alimentam de algas, enquanto organismos que dependem de folhas, madeira e presas terrestres podem ser afetados negativamente por mudanças de curto prazo na disponibilidade de alimentos. Espécies de plantas decíduas se restabelecem nos primeiros anos após a colheita, mas árvores que fornecem outros materiais, como agulhas de coníferas e grandes troncos, levam décadas para se restabelecer.