Os aquíferos confinados e não confinados são semelhantes na medida em que ambos contêm água subterrânea e podem ser usados ​​para fornecer água para consumo humano, irrigação e outros fins. No entanto, também existem algumas diferenças importantes entre eles.

* Os aquíferos confinados estão localizados entre duas camadas de rocha impermeável, enquanto os aquíferos não confinados não. Isto significa que os aquíferos confinados estão protegidos da contaminação por águas superficiais e poluentes. Os aquíferos não confinados, por outro lado, são mais suscetíveis à contaminação porque estão diretamente expostos à superfície.
* Os aquíferos confinados normalmente estão sob pressão, enquanto os aquíferos não confinados não. Esta pressão é causada pelo peso das camadas rochosas acima do aquífero. A pressão em um aquífero confinado pode ajudar a forçar a subida da água através de poços e nascentes. Os aquíferos não confinados, por outro lado, não têm essa pressão, portanto a água deve ser bombeada deles.
* Aquíferos confinados podem ser encontrados em qualquer profundidade, enquanto aquíferos não confinados são normalmente encontrados perto da superfície. Isso ocorre porque os aquíferos livres são recarregados pelas águas superficiais, portanto devem estar localizados próximos à superfície para receber essa recarga. Já os aquíferos confinados podem ser encontrados em qualquer profundidade, desde que haja uma camada de rocha impermeável acima deles para protegê-los da contaminação.

Em geral, os aquíferos confinados fornecem uma fonte de água mais confiável e protegida do que os aquíferos não confinados. No entanto, os aquíferos não confinados são muitas vezes mais acessíveis e menos dispendiosos para desenvolver.