O molibdênio (Mo) possui o seguinte número de partículas subatômicas:
Prótons: 42
Nêutrons: 56
Elétrons: 42
Cada átomo de molibdênio possui 42 prótons em seu núcleo, o que lhe confere uma carga positiva de +42. Para manter a neutralidade elétrica, um átomo neutro de molibdênio também possui 42 elétrons orbitando seu núcleo. O número de nêutrons pode variar, dando origem a diferentes isótopos de molibdênio. O isótopo mais comum é o molibdênio-98 (Mo-98), que possui 56 nêutrons.