A respiração celular ocorre em diferentes partes da célula:

* glicólise: Esta etapa inicial ocorre no citoplasma .
* Ciclo de Krebs (ciclo de ácido cítrico): Este estágio ocorre na matriz mitocondrial , o compartimento mais interno das mitocôndrias.
* Cadeia de transporte de elétrons: Este estágio final ocorre na membrana mitocondrial interna , a membrana que envolve a matriz mitocondrial.

Assim, enquanto algumas partes da respiração celular ocorrem no citoplasma, a maior parte do processo ocorre dentro das mitocôndrias, especificamente em sua matriz e membrana interna.