Núcleo
Uma grande diferença entre moneranos e protistas está no núcleo, que é o "comando centro "de uma célula. Os moneranos não têm um núcleo verdadeiro, enquanto os protistas têm núcleos ligados em suas próprias membranas nucleares. Os cientistas classificam organismos com verdadeiros núcleos como eucariontes e organismos sem eles como procariontes.
Complexidade
Além da inclusão de um núcleo verdadeiro, os protistas são mais complexos em termos organizacionais do que os moneranos. Os protistas exibem características chamadas organelas que têm vários trabalhos na célula e podem exibir métodos visíveis de movimento. Os moneranos não possuem esses tipos de recursos.
Tamanho
Os tamanhos das diferentes espécies dentro de cada reino variam, mas os protistas geralmente são maiores que os moneranos. Às vezes, os protistas são visíveis mesmo com uma lupa. Os moneranos geralmente são muito menores que isso. No entanto, as bactérias verde-azuladas, que pertencem à monera, são maiores.