Existem vários fatores que dificultam as teorias sobre a especiação:

1. Escalas de tempo: A especiação é um processo de longo prazo que pode levar milhares ou até milhões de anos. Observar diretamente todo o processo é impossível para os seres humanos, que têm uma vida útil muito mais curta.

2. Complexidade da evolução: A evolução é um processo complexo que envolve muitos fatores de interação, como deriva genética, seleção natural, fluxo gênico e mutação. Isolar os mecanismos precisos que impulsionam a especiação pode ser um desafio.

3. Falta de observação direta: A especiação geralmente ocorre na natureza, dificultando o controle de variáveis ​​e conduzem experimentos. Muitas vezes, contamos com evidências indiretas, como registros fósseis, dados genéticos e estudos comparativos de espécies existentes.

4. Espécies definidas: O próprio conceito de espécie nem sempre é claro. Existem várias definições de espécies, e diferentes critérios podem levar a conclusões diferentes sobre se uma população é uma espécie distinta ou não.

5. Variação dentro das espécies: Mesmo dentro da mesma espécie, há variação significativa. Essa variação pode dificultar a diferenciação entre variação individual e espécies verdadeiramente distintas.

6. Zonas híbridas: Algumas espécies hibridam, o que significa que elas cruzaram e produzem descendentes. Isso pode embaçar as linhas entre as espécies e dificultar determinar se duas populações são realmente distintas.

7. Registro fóssil incompleto: O registro fóssil é incompleto e geralmente fornece informações limitadas sobre a evolução das espécies. As lacunas no registro fóssil podem dificultar o rastreamento da linhagem das espécies e entender como elas divergiram.

8. Dificuldades em estudar dados genéticos: A análise de dados genéticos para inferir relacionamentos evolutivos pode ser complexa e requer métodos estatísticos sofisticados. A interpretação dos dados genéticos está sujeita a incerteza e pode ser influenciada por vários fatores.

9. Considerações éticas: O estudo da especiação na natureza pode levantar preocupações éticas sobre a interferência de populações naturais. Experimentos controlados geralmente não são viáveis, especialmente para processos evolutivos a longo prazo.

Apesar desses desafios, os cientistas fizeram um progresso significativo na compreensão da especiação através de uma combinação de observações de campo, experimentos de laboratório e análise sofisticada de dados genéticos. Ao usar uma variedade de métodos e considerando várias linhas de evidência, os pesquisadores estão continuamente obtendo uma compreensão mais profunda de como surgem novas espécies.