A vida floresceu nas florestas tropicais da Costa Rica e ambientes marinhos (uma em cada 20 espécies de plantas e animais pode ser encontrada na Costa Rica), mas também há mais de 100 espécies na União Internacional para a Conservação da Natureza e Lista de espécies ameaçadas de recursos naturais. O desmatamento, a conversão do habitat e a poluição são os responsáveis pela atenuação de muitas espécies.
Mamíferos
A Costa Rica tem uma das populações mais ricas em morcegos do mundo, composta por metade da população de mamíferos. As espécies de morcegos na lista variam desde o grande morcego espectral predatório até o morcego branco hondurenho, com apenas 37 a 47 mm de comprimento, embora ambos sejam de baixo risco. Felinos como o pequeno gato malhado, o puma da Costa Rica e a onça-pintada da América Central foram expulsos de seus habitats, e o mico-tamandu, o macaco-aranha e os primatas de macaco-aranha de Geoffroy foram grandemente diminuídos. Outros mamíferos ameaçados incluem o tamanduá-bandeira, o cervo Sambar e a anta de Baird.
Pássaros
A Costa Rica abriga 894 espécies de aves, mais do que nos EUA e no Canadá juntos. Destes, mais de 600 são residentes permanentes, incluindo o guarda-chuva ameaçado de pescoço descoberto, guan preto e tanager azul e dourado, mas aves como a toutinegra cerúleo e a andorinha-do-mar são migratórias. O tentilhão da ilha do coco reside na ilha Cocos 360 milhas ao largo da costa da Costa Rica. É o único dos tentilhões de Darwin não completamente endêmicos para as Galápagos. Outras aves ameaçadas incluem espécies conhecidas como a águia (águia solitária negra), arara (grande arara verde), beija-flor (beija-flor-mangue) e papagaio (papagaio-de-cara-vermelha).
Répteis e anfíbios
Peixes
A maioria dos peixes da Costa Rica na lista de espécies ameaçadas de extinção está quase ameaçada ou vulnerável. Estes incluem a garoupa de oliva, cavalos-marinhos do Pacífico e tubarão-da-coroa. Um número de raios também está na lista, como o raio elétrico bullseye no Pacífico eo raio cownose no Atlântico.
Invertebrados
Há um número de shadowdamsels ameaçados, insetos que parecido com libélulas. Estes incluem espécies de costas pretas, alongadas, chiriquita, cacau e reventazon. Muitos dos outros insetos em extinção são libélulas knobtailed como o Limon, humped, catago, vulcão, alajuela e espécies de chifres. Duas espécies de caranguejos de água doce e vários corais marinhos também fizeram a lista da IUCN.
Plantas
Existem mais de 9.000 espécies conhecidas de plantas na Costa Rica. As plantas ameaçadas incluem membros da família das leguminosas, como o abarema e o lancepod, cujo último nome deriva de sua fruta lance-like. Existem também 24 espécies de eugenia, nove espécies da planta aromática quararibea e duas espécies do gênero virola, intimamente relacionadas com a noz moscada e com flores amarelas e odor pungente. Outros grandes gêneros ameaçados incluem o coralberry, o cryosophila de palmeira e o cedrela de árvore caduca perenifólia ou seca. O pinhão-manso da Costa Rica, a árvore manilkara e a árvore gavilán blanco são espécies ameaçadas de plantas.
