Destruição de habitats :A construção de barragens e reservatórios para energia hidroeléctrica pode resultar na perda de habitat para peixes, plantas e outros animais selvagens. Isto pode perturbar os ecossistemas e causar declínios na biodiversidade. Por exemplo, a construção da Barragem das Três Gargantas na China tem sido associada ao declínio de várias espécies de peixes, incluindo o esturjão chinês.

Fragmentação de rios: As barragens podem fragmentar os rios, impedindo que peixes e outros organismos aquáticos se movam rio acima e rio abaixo. Isto pode perturbar os padrões de migração e dificultar a reprodução e a sobrevivência das espécies. Por exemplo, a construção da barragem de Glen Canyon, no rio Colorado, bloqueou a migração de várias espécies de peixes, incluindo o chub jubarte e o pikeminnow do Colorado.

Mudanças na temperatura e fluxo da água: A operação de hidrelétricas pode alterar a temperatura da água e a vazão dos rios abaixo das barragens. Isto pode afetar negativamente os ecossistemas aquáticos e as espécies que deles dependem. Por exemplo, a libertação de água fria das barragens pode prejudicar os peixes e outros organismos aquáticos adaptados a temperaturas mais quentes.

Emissões de gases de efeito estufa: As barragens hidroelétricas podem emitir gases com efeito de estufa, como metano e dióxido de carbono, durante a sua construção e operação. Estes gases contribuem para as alterações climáticas e podem ter impactos negativos na saúde humana e no ambiente. Por exemplo, descobriu-se que o reservatório atrás da Barragem das Três Gargantas emite metano, um potente gás com efeito de estufa.

Impactos sociais e econômicos: A construção de barragens hidroeléctricas pode ter impactos sociais e económicos nas comunidades locais. Estes impactos podem incluir o deslocamento de pessoas das suas casas, a perda de meios de subsistência e mudanças nas práticas culturais. Por exemplo, a construção da barragem Sardar Sarovar, no rio Narmada, na Índia, deslocou milhares de pessoas e causou perturbações sociais e económicas significativas.