p O colágeno é o rei das proteínas biológicas, e agora tem um SCEPTTr. p Essa é a alça de um algoritmo desenvolvido por cientistas da Rice University que estudam versões naturais e sintéticas de colágeno, que é responsável por cerca de um terço das proteínas do corpo e forma a cola fibrosa na pele, ossos, músculos, tendões e ligamentos.

p O programa - nome completo, Função de pontuação para a temperatura de transição dos peptídeos emuladores de colágeno - prediz com precisão a estabilidade das hélices triplas de colágeno, a estrutura primária que forma as fibrilas.

p A equipe do Rice liderada pelo químico e bioengenheiro Jeffrey Hartgerink e o estudante graduado Douglas Walker testou o SCEPTTr em 431 hélices triplas de colágeno de seus próprios experimentos e da literatura e também o usou para orientar o projeto de uma nova hélice de colágeno sintético.

p O estudo em Química da Natureza poderia ajudar os pesquisadores a entender melhor o papel crítico da proteína na cicatrização de feridas e câncer e poderia ser usado para projetar colágenos sintéticos, de acordo com os pesquisadores.

p O artigo melhora significativamente o projeto do laboratório de 2012 para prever a estabilidade das estruturas de colágeno sintético. "Uma de suas limitações é que ele só entendia uma faixa muito estreita de aminoácidos, "Hartgerink disse.

p SCEPTTr expande isso para toda a gama de aminoácidos naturais. Isso essencialmente o torna um conjunto Eretor para design de colágeno, potencialmente reduzindo semanas de tentativa e erro a segundos em um computador desktop.

p "A segunda grande melhoria é que, embora o trabalho anterior não pudesse dizer se uma espécie de colágeno seria estável à temperatura ambiente, O programa de Doug faz previsões sobre a temperatura de fusão, o ponto em que uma hélice tripla se desfaz, "Hartgerink disse." A grande parte sobre isso é um valor facilmente testável que se estende às temperaturas fisiológicas também.

p "Isso é importante para nós, porque se ele se desfizer quando você o colocar dentro de um organismo vivo, não é particularmente útil, " ele disse.

p SCEPTTr retorna mais de um único resultado para um determinado trio de sequências, detalhando todas as combinações possíveis dos peptídeos de entrada e fornecendo uma temperatura de fusão para cada um.

p "Uma das coisas mais importantes que o SCEPTTr faz é olhar para todas as estruturas alternativas possíveis e dizer o quão estáveis ​​elas são, "Walker disse." Isso nos ajuda a entender como essas misturas complexas vão se parecer antes de você fazê-las. "

p Walker trouxe uma combinação única de talentos para o projeto, gastando metade do tempo sintetizando peptídeos de colágeno e metade programando SCEPTTr.

p "Quando eu era estudante de graduação (estudava química na Idaho State University), Continuei tendo aulas de matemática porque gostava muito, "explicou ele." E cheguei a um ponto em que pensei, 'Nós vamos, Estou a uma classe de distância de um menor de matemática. ' E isso passou a ser um curso de ciência da computação. "

p Apesar das reservas, Walker descobriu que gostava de programar. "Logo no início, Eu disse, 'Ei, Doug, você sabe alguma coisa sobre computadores, porque eu tenho um projeto para voce, '"Hartgerink lembrou." Acho que a ideia era que, se ele não soubesse de programação, ele teria que descobrir isso de uma forma ou de outra. "

p Walker disse que o programa estará disponível gratuitamente online. “Queremos tornar este campo mais acessível, e SCEPTTr deve tornar mais fácil para as pessoas entenderem o colágeno, " ele disse.