Os lipídios desempenham um papel fundamental em muitas doenças metabólicas, incluindo hipertensão, diabetes, e derrame. Portanto, ter um perfil completo dos lipídios do corpo - seu "lipidoma" - é importante.

Os estudos lipidômicos costumam ser baseados em cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massa em tandem (LC-MS / MS). Mas os pesquisadores têm dificuldade em processar dados rápido o suficiente, e eles são incapazes de identificar com segurança e quantificar com precisão as espécies de lipídios detectadas.

As identificações incorretas podem resultar em interpretações biológicas enganosas. No entanto, as ferramentas existentes não são projetadas para verificação de alto volume de identificações e devem ser verificadas manualmente para garantir a precisão. Visto que os cientistas cada vez mais desejam estudos de lipidômica em maior escala, analistas precisam de software aprimorado para identificar lipídios.

Um artigo recente da autora principal Jennifer E. Kyle e oito co-autores do Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) apresenta um software de identificação de lipídios de código aberto, Quantificação e identificação de lipídios (LIQUID). A pontuação é treinável, o banco de dados de pesquisa é personalizável, e várias linhas de evidência são exibidas, permitindo identificações confiáveis. O LIQUID também disponibiliza pesquisas de alvo único e global, bem como pesquisas de padrões de fragmentos. Tudo isso possibilita aos pesquisadores rastrear padrões semelhantes e repetidos de espectros de MS / MS.

Em comparação com outro software disponível gratuitamente comumente usado para identificar lipídios e outras moléculas pequenas, O LIQUID tem um tempo de processamento rápido que pode gerar um número maior de identificações de lipídios validadas com mais rapidez. Seu banco de dados de referência inclui mais de 21, 200 alvos lipídicos exclusivos em seis categorias de lipídios, 24 aulas, e 63 subclasses.

O LIQUID é capaz de identificar com segurança mais espécies de lipídeos com um processamento combinado mais rápido e tempo de validação do que qualquer outro software em seu campo.

Qual é o próximo?

Os desenvolvedores de LIQUID aumentarão a biblioteca de referência para incluir lipídios que podem ser exclusivos para determinados estados de doença ou para organismos de nichos ambientais selecionados. Isso significa que os pesquisadores serão capazes de caracterizar uma gama mais diversa de amostras e, portanto, aumentar a compreensão dos sistemas biológicos e ambientais de interesse.