Um dos principais candidatos para a origem dos magnetares envolveu a presença de um campo magnético muito forte numa estrela de nêutrons em rotação rápida. A formação de magnetares e os campos magnéticos têm sido tradicionalmente atribuídos aos efeitos da rotação diferencial na estrela de nêutrons recém-nascida. No entanto, simulações magnetohidrodinâmicas 3D recentes de estrelas de nêutrons com rotação diferencial geralmente levaram à formação de um dipolo magnético, em contradição com a geometria de campo observada dos magnetares. Estas descobertas apontam para a necessidade de revisitar os mecanismos padrão de geração de campo magnético nestas fontes, e levaram à consideração de diferentes cenários para a formação de magnetares.

Um campo magnético inicial muito forte (da ordem de \( 10^{15} \) G) é necessário para que o mecanismo de amplificação do campo magnético por rotação diferencial funcione. Diferentes fontes de tal campo de sementes foram propostas, por exemplo, campos criados por processos de dínamo durante a evolução da estrela progenitora, ou campos amplificados durante o evento de colapso do núcleo que leva à formação da estrela de nêutrons. Em ambos os casos, o campo magnético inicial deve ser axissimétrico e forte o suficiente para evitar a dissipação ôhmica do campo magnético através dos movimentos turbulentos do fluido que se desenvolvem durante a evolução da estrela de nêutrons. Foi sugerido que a convecção que ocorre nas camadas externas do magnetar recém-nascido pode contribuir para o confinamento e amplificação deste campo.

Uma possibilidade interessante é que o campo magnético inicial resulte do fluxo magnético que é direcionado para dentro pelo gás de acreção durante o retorno da supernova. A interação magnetohidrodinâmica desta matéria em queda com o campo magnético da estrela de nêutrons poderia explicar várias propriedades importantes observadas em magnetares. Em particular, foi sugerido que poderia dar origem a um componente toroidal do campo magnético, a multipolaridade do campo observado, e possivelmente também explicar a origem dos magnetares de período ultralongo.