A taxonomia, ou classificação científica, do mofo no pão define o comportamento e a genética das espécies de mofo. Existem até 100.000 espécies de fungos. Esses fungos aparecem em tudo, desde paredes do banheiro até alimentos. Os componentes visíveis dos fungos constituem colônias de esporos de fungos, que têm o mesmo propósito em fungos que as sementes nas plantas. Várias espécies de bolores aparecem no pão. Essas espécies pertencem a vários gêneros e mais de um filo.
Moldes para Pão

O molde para pão preto (Rhizopus stolonifer) ocorre em uma variedade de hospedeiros. O molde requer açúcar e amido para crescer. Comumente encontrada em pães, essa espécie de mofo diversificada e adaptável também aparece em várias espécies de frutas, ninhos de pássaros, lixo em decomposição e até areia. Muitos outros bolores comuns pertencem ao gênero Penicillium ou Epenicillium. As espécies deste gênero estão entre os bolores mais comuns em todos os tipos de hospedeiros, incluindo pão, solo, vegetação em decomposição e materiais de construção. Outros gêneros de fungos que aparecem no pão incluem Aspergillus /Neosartorya, Mucor ou Rhizomucor.
Filos de Moldes de Pão

Moldes de pão pertencem a vários filos. O mofo do pão preto e outras espécies do Rhizopus que ocorrem no pão pertencem ao filo Zygomycota, assim como os mofos do gênero Rhizomucor. Os fungos Aspergillus /Neosartorya e Penicillium pertencem ao filo Ascomycota, ou fungos do saco. Os fungos do gênero Mucor, conhecidos como fungos viscosos, pertencem ao filo de Myxomycota. Algumas fontes, como o Sistema Integrado de Informações Taxonômicas (ITIS), classificam esse filo como um fungo. Outros o consideram parte do reino Protoctista, que inclui todos os organismos não classificados como plantas, animais, fungos ou procariontes. , pertencem ao Reino dos Fungos. O reino dos fungos exibe uma diversidade incrível. Os organismos do reino variam de cogumelos a mofo e espécies de micose. As espécies fúngicas de micose não produzem nenhuma minhoca real, mas causam sintomas identificados pelo homem como micose. O ITIS identifica 27 famílias e 10 ordens de organismos pertencentes ao filo de Ascomycota. Essas espécies formam organismos, como cogumelos morel, bolores e líquenes, uma substância semelhante ao musgo. Os moldes para pão são definidos ao nível do gênero. Isso significa que eles mantêm relações genéticas, através das categorias de Filo, Família, Ordem e Classe, com uma variedade de formas de vida fúngica, em vez de pertencerem a uma única categoria que define nada além de bolores.

Os cientistas definem os filos do reino dos fungos por modos de reprodução sexual. Se os cientistas sabem pouco ou nada sobre o processo reprodutivo de uma espécie de fungo, como um molde de pão, essa espécie cai no filo de Deuteromycota. À medida que a comunidade científica aprende mais sobre reprodução nessas espécies, ela as atribui a outro filo do reino dos Fungos, com base em seus hábitos reprodutivos. Todos os fungos seguem o mesmo padrão reprodutivo básico, que envolve a divisão de esporos através da meiose. As especificidades deste processo, no entanto, diferem em detalhes. As diferentes naturezas da reprodução do mofo no pão ajudam os cientistas a classificá-los por filos.